Η οργάνωση και λειτουργία της ΔΟΑ εποπτεύονται από την Εφορεία, ένα Διοικητικό Συμβούλιο με τετραετή θητεία που αποτελείται από εννέα μέλη προερχόμενα από το χώρο του αθλητισμού και του πολιτισμού, και εκλέγεται από την Ολομέλεια της ΕΟΕ. Πέντε τουλάχιστον μέλη της Εφορείας πρέπει να είναι μέλη της ΕΟΕ. Τις εργασίες των Συνόδων της ΔΟΑ διευθύνουν ο Πρόεδρος και ο Κοσμήτορας της Διεθνούς Ολυμπιακής Ακαδημίας.
Mε προεδρικό διάταγμα που εξεδόθη τον Οκτώβριο του 2003 η ΔΟΑ μετετράπη σε Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου εποπτευόμενο από το Υπουργείο Πολιτισμού υπό την αιγίδα της ΔΟΕ.
Το Δεκέμβριο του 1962 συστάθηκε μια ειδική Επιτροπή της ΔΟΕ για τη σύνδεση της ΔΟΑ με τη ΔΟΕ, την Ολυμπιακή Αλληλεγγύη και το Ολυμπιακό Κίνημα γενικότερα, ο τίτλος της οποίας ήταν «Επιτροπή της ΔΟΕ για τη Διεθνή Ολυμπιακή Ακαδημία και την Ολυμπιακή Παιδεία». Της Επιτροπής προήδρευσαν διαδοχικά οι: Ivar Emil Vind (Δανία), Mohamed Mzali (Τυνησία) και στη συνέχεια οι Έλληνες πρόεδροι της ΔΟΑ και μέλη της ΔΟΕ, Νικόλαος Νησιώτης και Νίκος Φιλάρετος. Το 2000 η επιτροπή αυτή με πρόταση του προέδρου της ΔΟΑ, Νίκου Φιλάρετου, συγχωνεύτηκε με την Επιτροπή της ΔΟΕ για τον Πολιτισμό και την Ολυμπιακή Παιδεία.

ΠΡΟΕΔΡΟΙ

Ιωάννης ΚΕΤΣΕΑΣ
(1961-1965)

Θεοδόσιος ΠΑΠΑΘΑΝΑΣΙΑΔΗΣ
(1965-1966)

Πρίγκιπας ΓΕΩΡΓΙΟΣ του Αννόβερο
(1966-1969)

Επαμεινώνδας ΠΕΤΡΑΛΙΑΣ
(1970-1974)

Αθανάσιος ΤΖΑΡΤΖΑΝΟΣ
(1974-1976)

Φερνάρδος ΣΕΡΠΙΕΡΗΣ
(1993-1996)

Νικόλαος ΝΗΣΙΩΤΗΣ
(1977-1986)

Νικόλαος ΦΙΛΑΡΕΤΟΣ
(1986-1992 , 1997-2005)

Μίνως Ξ. ΚΥΡΙΑΚΟΥ
(2006-2008)

Ισίδωρος ΚΟΥΒΕΛΟΣ
(2009- )

ΚΟΣΜΗΤΟΡΕΣ

Κων/νος ΓΕΩΡΓΙΑΔΗΣ
(1990- )

Όττο ΣΙΜΙΤΣΕΚ
(1962-1990)